پس از خاکسپاری پیکر پاک حضرت معصومه (علیهاالسلام ) درمحل فعلی که درآن عصر به نام باغ بابلان نام داشت ، پسران اشعری ، سایبانی از بوریا برروی مرقد او ترتیب دادند پس از مدتی دراواسط قرن سوم هجری قمری ، حضرت زینب دختر امام جواد ( علیه السلام ) ازمصالح آجر وسنگ وگچ گنبد وبارگاهی برروی مرقد مطهر حضرت معصومه (علیهاالسلام ) ساخت.
سپس به مرور زمان دو گنبد دیگر درکنار گنبد اول ساخته شد که سومین آنها مدفن حضرت زینب دختر ا مام جواد ( علیه السلام ) شد .
این سه گنبد تا سال 457 ه.ق برقرار بودند تااینکه درهمان سال میرابوالفضل عراقی (وزیر طغرل کبیر ) به تشویق عالم بزرگ ، شیخ طوسی به جای آن سه گنید یک گنبد مرتفعی ساخت ...

درعصر قاجاریه

پس از پایان حکومت صفویان ، دیگر تعمیرهای قابل توجهی دربارگاه واطراف آن نشد تاوقتی که سلطنت ایران به دست قاجاریه2 رسید.
درسال 1218 قمری فتحعلی شاه با دوازده هزار خشت با پوشش طلا ، گنبد را طلا نمود ودرسال 1236 مسجد بالاسر بنا شد .
درسال 1276 ایوان شاه اسماعیل صفوی را طلا کردند .
درسال 1275 ضریح فولادین شاه عباس را نقره نمودند
درآخر قرن 13 هجری قمری ، شالوده صحن جدید (بزرگ ) به وسیله آقا ابراهیم امین السلطان ریخته شد وساختمان آن را پسرش میرزا علی اصغرخان اتابک صدراعظم ایران دراواخر سلطنت ناصر الدین شاه درسال 1303 قمری به پایان رسانید.3
ظریف کاریهای صنایع مختلف دراین آستانه از طلاکاری ونقره میناکاری گرفته تا آینه کاری وخطوط مختلف از نسخ ، نستعلیق ، شکسته ، کوفی وثلث ودهها وصدها ظریف کاریها دردرهای گوناگون حرم مطهر و... بیش از اینها است که مابتوانیم دراین کتاب مختصر بیاوریم .4
پس از پیروزی انقلاب اسلامی به رهبری مرجع عظیم الشان امام خمینی(ره) تحولات معنوی وساختمانی بسیار چشمگیری دربارگاه ملکوتی حضرت معصومه (علیهاالسلام ) ازجهات مختلف به وجود آمده از جمله مسجد اعظم قم به آستانه ملحق شده ومرقد شریف آیه الله العظمی بروجردی (ره ) درکنار مسجد بالاسر قرارگرفته ونظم خاص روحانی درتمام امور دیده می شود که جدا درخور تحسین است یکی از آنها غباروبی حرم مطهر وداخل ضریح با حضور مراجع وبزرگان علم وتقوا است که تماشای صحنه ملکوتی آن درسیمای جمهوری اسلامی ، انسان رابه یاد غباروبی حرم مطهر حضرت رضا ( علیه السلام ) برادر حضرت معصومه ( علیه السلام ) می اندازد .
کوتاه سخن آنکه : هم اکنون بارگاه ملکوتی حضرت معصومه (علیهاالسلام ) با کمال جلال وجبروت تقریبا درمرکز شهر قم قرار گرفته وهمچون روحی درکالبد این سرزمین وخورشیدی تابان دراین خطه مقدسه است وهمواره مزار دهها هزار عاشق شیفته از اکثر کشورهای اسلامی می باشد وحرم وصحن ها واطراف درروزهای مخصوص مانند : عاشورا ، اربعین ، عید نوروز و... مملو از جمعیت است .